BLU adalah organisasi semi otonom, sedangkan BUMN punya otonom penuh. Otonomi yang dipunyai BLU terbatas seperti batasan mencari keuntungan hingga batasan investasi BLU yang hanya dibolehkan dalam jangka waktu pendek.
Pengelolaan Keuangan
Pengelolaan keuangan BUMN tidak tercatat dalam APBN. Dalam pengelolaan pendapatan, BUMN punya mekanismenya sendiri. Sedangkan pengelolaan keuangan BLU masuk dalam mekanisme APBN. Artinya pendapatan dan belanja BLU akan terekam di APBN.
BLU punya fleksibilitas dari Menkeu pada satuan kerja (satker). Lembaga tersebut boleh memiliki sisa saldo akhir tahun dan tidak perlu disetor ke kas negara sehingga bisa masuk ke anggaran tahun setelahnya.
Pegawai
Pegawai BUMN dan BLU juga berbeda. Pegawai BUMN berstatus sebagai non aparatur sipil negara (ASN). Sedangkan pegawai BLU adalah ASN dan sebagian non-ASN.
Pendapatan
Seperti disinggung sebelumnya, BLU dan BUMN memiliki keuntungan meski orientasinya berbeda. Saat BLU memiliki laba, maka masuk jadi penerimaan negara bukan pajak (PNBP). BLU harus melaporkan pendapatan yang diterima dan dibelanjakan secara berkala ke KPPN. SedangkanBUMN berbeda.
Pengenaan Pajak
Keuntungan yang didapatkan BUMN akan dikenai pajak, sedangkan keuntungan BLU tidak dikenai pajak karena menjadi instansi pemerintah. (wal)